Wojewódzki Urząd Pracy posiada rozbudowaną strukturę organizacyjną, na czele której stoi Dyrektor oraz dwóch Zastępców odpowiedzialnych za Fundusze i Rynek Pracy. W skład urzędu wchodzą różne wydziały i zespoły, w tym Wydział Obsługi Budżetu i Funduszy z Oddziałem Finansów i Księgowości oraz zespołem obsługi funduszy europejskich i Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych. Wydział Prawny oraz Zespół ds.
Kadr i Szkoleń odpowiadają za kwestie prawne i kadrowe. Kontrola wewnętrzna jest realizowana przez Wydział Kontroli oraz stanowisko ds. kontroli wewnętrznej. Wydział Organizacji i Administracji zajmuje się sprawami organizacyjnymi, w tym bezpieczeństwem i higieną pracy.
Wydział Informatyki wspiera działalność urzędu w zakresie technologii informatycznych. Promocją doradztwa zawodowego zajmuje się dedykowany zespół, podobnie jak zamówieniami publicznymi. Urząd posiada pełnomocnika ds. ochrony informacji niejawnych oraz inspektora ochrony danych, a także rzecznika prasowego.
Wydział Polityki i Analiz Rynku Pracy prowadzi statystyki publiczne i realizuje usługi rozwojowe. Wydział Wdrażania Funduszy Europejskich koordynuje projekty konkurencyjne i niekonkurencyjne. Wydział Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych zajmuje się wypłatą świadczeń oraz dochodzeniem zwrotu należności.
Centrum Poradnictwa Zawodowego działa w Bydgoszczy i we Włocławku, oferując wsparcie zawodowe. Wydział Koordynacji Świadczeń i Obsługi Agencji Zatrudnienia odpowiada za systemy zabezpieczenia społecznego oraz obsługę agencji zatrudnienia. Struktura urzędu jest kompleksowa i umożliwia realizację szerokiego zakresu zadań związanych z rynkiem pracy i funduszami.
