W strukturze Wojewódzkiego Urzędu Pracy znajduje się dyrekcja, na jej czele której stoi dyrektor oraz dwóch zastępców: ds. funduszy i ds. rynku pracy. Pod dyrekcją funkcjonuje Główny Księgowy, który nadzoruje Wydział Obsługi Budżetu i Funduszy, w tym Oddział Finansów i Księgowości, Zespół ds. Obsługi Finansowej Funduszy Europejskich oraz Oddział ds. Obsługi Finansowej Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych. Wydział Prawny oraz Zespół ds.
Kadr i Szkoleń realizują zadania związane z prawem i rozwojem pracowników. Wydział Kontroli obejmuje Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej, a Wydział Organizacji i Administracji prowadzi działania w zakresie bezpieczeństwa i higieny pracy. Dział Informatyki zapewnia wsparcie techniczne, natomiast Zespół ds. Promocji Doradztwa Zawodowego i Zespół ds.
Zamówień Publicznych odpowiadają za promocję usług i procedury przetargowe. Pełnomocnik ds. Ochrony Informacji Niejawnych, Inspektor Ochrony Danych oraz Rzecznik Prasowy pełnią funkcje kontrolne i komunikacyjne. Wydział Polityki i Analiz Rynku Pracy, w tym Oddział Statystyki Publicznej, zajmuje się badaniami rynku pracy.
Wydział Realizacji Usług Rozwojowych realizuje programy rozwojowe, a Wydział Wdrażania Funduszy Europejskich koordynuje projekty konkurencyjne i niekonkurencyjne poprzez odpowiednie zespoły i oddziały. Wydział Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych prowadzi oddziały ds. wypłaty świadczeń, monitorowania pomocy publicznej oraz dochodzenia zwrotu należności.
Centrum Poradnictwa Zawodowego funkcjonuje w oddziałach w Bydgoszczy i Włocławku, świadcząc usługi doradztwa zawodowego. Wydział Koordynacji Świadczeń i Obsługi Agencji Zatrudnienia, wraz z zespołami ds. koordynacji systemów zabezpieczenia społecznego i obsługi agencji zatrudnienia, zarządza świadczeniami oraz współpracą z agencjami zatrudnienia.
